儿童肾囊肿不能自愈。儿童肾囊肿如果没有任何症状，只是体检的时候发现孩子有单个或者多个小囊肿，需要给孩子定期地复查，一般半年或者一年左右检查一次彩超，不需要给孩子进行特殊治疗。
但是如果孩子肾囊肿比较大或者特别的多，孩子有明显的背部或者腹部间歇性疼痛、肾积水等情况，就需要到医院泌尿外科就诊，给孩子检查一下泌尿系CTU、肾功能甚至ECT等，评估肾脏功能，看孩子是否需要接受外科手术治疗等。所以要根据孩子的情况，采取相对应的措施。
儿童肾囊肿主要与发育因素和遗传因素有关，少数可能为获得性。不同类型儿童肾脏囊性疾病的发病年龄不相同，可发生于婴儿期、儿童期或成人期，还可贯穿其中。与发育有关的肾脏囊性疾病由先天发育不良引起，可造成肾脏胆囊发育不良、髓质海绵肾。先天发育异常的肾脏囊性疾病一般基因无异常。遗传性肾脏囊性疾病主要是基因突变和染色体异常所致，大部分通过父母遗传引起，分为常染色体显性和常染色体隐性。但部分多囊肾患者既非父母遗传，同时也不属于先天发育不良性多囊肾病，为胚胎期基因突变引起。获得性肾脏囊性疾病儿童相对少见，如单纯性肾脏囊肿、低钾肾脏囊性疾病，孤立性多发囊肿、肾淋巴管瘤等疾病与终末期肾病透析、移植有关。因此儿童肾囊肿的原因应综合分析，判断有无家族史、遗传史、囊肿数量，预后存在差异。
患者平时一定要注意清淡饮食，尽量不吃吃刺激性食物，注意多喝水，防止尿路感染，尽量多吃新鲜水果和蔬菜，同时也要注意生活上的护理。