疼痛。肾脏区域的疼痛可能由囊肿感染，囊肿出血，肾结石或肾囊周围纤维组织伸展引起。医生会首先评估这些原因中的哪些导致疼痛，以指导治疗。
如果确定是因囊肿扩张引起的慢性疼痛，医生可能会最初建议非处方止痛药物，对于大多数但并非所有因囊肿扩大引起的严重疼痛的.病例，收缩囊肿的手术可缓解背部和侧面的疼痛。然而，手术只能暂时缓解症状，并不会减缓疾病向肾功能衰竭的进展。
头痛是严重的，或者似乎感觉到不同于其他头痛可能是由动脉瘤，血管呈斑点状，大脑中的气球出来造成的。这些动脉瘤可能会破裂，可能会造成严重的后果。头痛也可能是由高血压引起的。患有常染色体显性多囊肾的人，如果他们有严重或反复的头痛，甚至在考虑非处方止痛药物之前，应该去看医生。
尿路感染。常染色体显性多囊肾患者往往有频繁的尿路感染，可以用抗生素治疗。患有此病的人应立即寻求尿路感染治疗，因为感染可从尿道扩散至肾脏囊肿。囊肿感染难以治疗，因为许多抗生素不能穿透囊肿。
高血压。控制血压可以减缓常染色体显性多囊肾的影响。生活方式的改变和各种药物可以降低高血压。患者应该向医生询问这种治疗方法。有时适当的饮食和锻炼足以控制血压。
晚期肾脏疾病。多年后，多囊肾可能会导致肾脏衰竭。由于肾脏对于生命至关重要，ESRD患者必须寻求两种替代肾功能的方法之一：透析或移植。
在血液透析中，血液循环进入外部过滤器，在重新进入人体之前进行清洁。在腹膜透析中，将液体引入腹部，在那里它吸收废物并随后被移除。将健康肾脏移植到终末期肾病患者已经成为一种常见且成功的手术。移植入多囊肾患者的健康非多囊肾肾脏不发展囊肿。