肾囊肿和多囊肾是两种不同的疾病，在临床实践中，超声和CT可以用来区分这两种疾病。首先，从发病机制来看，肾囊肿，临床上通常称为单纯性肾囊肿，是最常见的良性肾脏肿瘤，绝大多数为非遗传性疾病，少数为常染色体显性遗传。多囊肾病是一种影响家庭其他成员的先天性遗传病，通常导致肾功能下降，并与多囊肝病共存。
其次，从疾病特点分析，肾囊肿常见于中老年人，儿童少见，成人中发病率随着年龄的增加而增加，早期一般无明显症状，通常是偶然被发现。
患者可有侧腹部或背部疼痛，以及镜下血尿，囊肿多为单肾单发，少数为双肾或多发。
而多囊肾分为婴儿型和成人型，婴儿型常伴有肝、脾或胰腺囊肿，发病率低，儿童期可有肾或肝功能不全的表现，多早期夭折；成人型患者大多40岁左右出现症状，主要表现为疼痛、腹部肿块与肾功能损害。多囊肾多为双侧，初期肾内仅有少数几个囊肿，慢慢发展为全肾布满大小不等的囊肿，压迫肾实质。
最后，从治疗方面分析，如果肾囊肿较小，生长缓慢或无症状者，一般可定期复查，持续观察；对于囊肿中等大小、无并发症的患者可以进行硬化剂注射疗法；而囊肿体积较大的患者则需要进行手术治疗，切除囊肿或患侧肾。
而针对多囊肾患者，如果肾功能正常，则采用对症治疗及支持疗法；对于合并严重高血压或出血、感染者，则需要切除患病肾脏，进行肾移植。