单纯性肾囊肿多数都没有自觉症状，大约 2％～4％ 的囊肿体积增大（6～8 cm）压迫周围组织并影响肾功能时可出现以下表现 ：
腰腹不适或疼痛： 囊肿体积增大、囊肿因自发性或腹部钝挫伤破裂后，都可能导致腰腹出现隐痛或钝痛，固定于一侧或两侧，可向下部及背部放射；
血尿： 少数可见的尿中带血或在高倍显微镜下发现尿中红细胞；腹部肿块： 偶尔囊肿很大，可在皮肤表面触及腹部包块；蛋白尿： 一般蛋白量不多；
高血压： 囊肿压迫肾脏，造成肾缺血，可引起高血压；继发感染： 除疼痛加重外，还可能体温升高（正常人的体温在 36～37.2 摄氏度之间）及全身不适。