一般公认，以下情况是肾穿刺的适应证：
1.治疗后蛋白尿控制不佳蛋白尿会使肾脏病呈渐进性进展，如果治疗3个月以上，大量尿蛋白仍然没有显著下降，则要行肾穿刺检查。注意这里有个前提：在充分的检查和治疗后，蛋白尿仍控制不好。也就是说，检查过尿蛋白组分、抗磷脂酶A2受体抗体、淋巴细胞亚群、补体系列等检验项目，经中医师和西医师共同研究方案进行治疗后仍未取得疗效，那么就有肾穿刺的必要。而如果是仅仅进行一些常规检查，用辅助性的中成药、降压药进行治疗后，发现效果不理想，就做肾穿刺……很可惜，本来有可能治疗显效的。没有进行专业的肾脏病诊断和治疗，仅在基层医院大内科诊治，显效率不会很高，肾穿刺就穿得太冤了。
2.不明原因的急性进展慢性肾病虽然是一种慢性病，但也有“急”的时候。如果肾脏发生活动性病变、出现新月体等“急症”，尿蛋白和血肌酐迅速升高，但其它检查又诊断不出来病因，则要尽快行肾穿刺，明确诊断。这类患者往往需要激素/免疫抑制剂/单抗类药物/血浆置换等方法进行治疗，避免严重的肾衰竭和尿毒症发生。