狼疮性肾炎治疗方案的决定主要根据病情的活动性、累及的脏器、肾脏病理改变和分型等，其中肾脏病理改变是制订治疗方案的重要依据。治疗主要分为诱导期和维持期，前者主要是尽快控制狼疮活动，维持期治疗主要是尽可能的维持病情的缓解、减少复发、保护肾功能。
21世纪随着干细胞技术的发展，干细胞疗法也给狼疮肾炎提供了新的治疗选择。
近年来，干细胞作为一个研究热点，干细胞移植技术得到高速发展。其中，间充质干细胞（MSCs）来源于发育早期中胚层和外胚层属于多能干细胞，具有多项免疫调节、促进造血及修复受损组织等功能，临床已将其应用于血液系统疾病、心血管疾病、内分泌疾病及自身免疫性疾病的治疗。
在“十三五”期间，我国出台一系列有利于细胞产业的政策和规范，并从中央财政经费拨款支持干细胞临床研究，多项的干细胞临床研究项目也获得了国家卫健委的备案批准，其中就包括了《脐带间充质干细胞治疗狼疮性肾炎的随机盲态平行对照多中心研究》这一项目。
国内临床随机对照试验案例受试对象：12名红斑狼疮肾炎患者，平均年龄31岁（19-44岁）分组治疗方案：对照组在基础治疗方案上增加安慰剂治疗；治疗组在基础治疗方案上增加hUC-MSC治疗观察对照期：治疗后的24小时，2个月，6个月主要比对项目肾脏蛋白尿：治疗前2组24h尿蛋白无明显差异，治疗后治疗组24h尿蛋白整体趋势下降。对照组治疗后24h尿蛋白有所下降，但平均值比治疗组高。
治疗组24h蛋白尿不完全缓解率高于对照组，6月后全缓解率治疗组高于对照组（P＜0.05）SLIDAI评分：治疗组的SLIDAI评分在治疗后2月、6月，2组都明显下降，治疗组平均分数明显低于对照组，2组差异显示具有治疗意义。
临床疗效及体征变化：研究表明，组内比较，治疗组与对组临床症状在治疗后2个月后治疗后6个月均明显改善，其中发热、蝶形红斑、关节痛、下肢浮肿在治疗后明显缓解或消失，其中治疗组缓解例数相对大于对照组。 不良反应：移植过程中，治疗组患者均未出现寒战、过敏、发热、恶心呕 吐、胸闷等不良反应。
随访两年，无移植相关不良反应发生。随着近年来不断有学者将间充质干细胞（MSCs）移植应用于狼疮性肾炎的治疗，其有效性和安全性逐渐得到一定证实和认可，作为难治性狼疮肾炎的诱导缓解治疗方法之一，为改善肾间质纤维化、保存肾功能、延缓肾衰竭提供了一种新的治疗策略。
目前国内的干细胞治疗需在有细胞临床应用资质的细胞工程单位进行。