肾盂肾炎分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。治疗方法有所不同。
急性肾盂肾炎：
1.治疗前均应进行晨尿涂片或中段尿细菌定量培养，证实感染的存在。
2.治疗初可凭经验进行抗菌素治疗，获得细菌培养及药敏试验结果后再根据药敏试验选择抗生素。以口服或者静脉滴注抗生素抗感染治疗为主。抗生素是目前的主要治疗药物，常用的包括氟喹诺酮类、半合成青霉素类、头孢菌素类等；真菌感染者可服用酮康唑、氟康唑等。对于一些有明显全身中毒症状的严重感染患者，需要住院，予静脉使用抗生素治疗。
3.急性期主要是抗感染和对症支持治疗。急性肾盂肾炎抗菌素治疗48到72小时后需根据治疗效果评估是否续用，效果不好，需根据药敏试验选择敏感药物治疗。如果有效，可在热退72小时后改口服抗生素继续治疗，完成14天治疗疗程。
4.感染严重有败血症者宜静脉给药，最好根据尿细菌培养结果选用敏感药物。真菌感染可用酮康唑治疗。鼓励患者多饮水、勤排尿，以冲洗掉泌尿系统内的病原体。有发热等全身感染症状应卧床休息。必要时可在医生指导下服用碳酸氢钠碱化尿液，以减轻膀胱刺激症状。
慢性肾盂肾炎
1.注意个人卫生，增强体质，提高机体防御能力。
2.纠正尿路感染的复杂原因，找寻尿路解剖或功能的异常，如尿路结石、梗阻、畸形等是导致尿路感染反复并难以控制的原因。
3.同时需要通过尿培养确认菌型，明确此次发作是复发或重新感染，进而指导用药。常用药物有青霉素，头孢类，喹诺酮类，磺胺类等。
4.对于一年内反复发作大于三次的患者在急性发作被控制后，继续采用长疗程，低剂量抑菌治疗。
5.复杂性慢性肾盂肾炎患者病程晚期会出现慢性肾功能不全，此时需采取延缓肾损害进展的治疗。